Madoka Kaname ist Schülerin im 2. Jahr auf der Mittelschule. Eines Tages taucht eine neue Mitschülerin auf – die schöne und geheimnisvolle Homura Akemi. Als Madoka kurz darauf ein misshandeltes Kätzchen findet, scheint es eine Verbindung zu Homura zu geben… Madoka nimmt das Kätzchen mit sich und gerät plötzlich mit ihm und ihrer Freundin Sayaka in eine seltsam verzerrte Welt, einen Bannkreis, aus dem sie von Mami Tomoe gerettet werden, einer Mitschülerin, die sich als Magical Girl entpuppt. Sie hat mit Kyubey, dem Katzenwesen, einen Pakt geschlossen, was nun auch Madoka und Sayaka machen sollen, um fortan als Magical Girls auf Hexenjagd zu gehen…