A due anni dall'ingresso di Kirito in un mondo fantasy pieno di misteri noto come Underworld, lui e il suo fidato amico Eugeo sono diventati spadaccini di alto livello dell'Accademia imperiale di scherma di Centoria nord e passano le loro giornate ad allenarsi per diventare Cavalieri d'Integrità, i più forti custodi dell'ordine del mondo umano. Insieme alle loro vallette attendenti, Ronie e Tiese con cui hanno instaurato un buon rapporto, le giornate passano serene, finchè... le due ragazze cadono nella sordida trappola tesa loro da due nobili! Tuttavia, quando Eugeo cerca di sfoderare le spada in loro difesa, la sua fede nella Chiesa assiomatica gli impedisce di muoversi. È allora che il ragazzo viene assalito da un dolore lancinante all'occhio destro e alcuni bizzarri caratteri in lungua sacra, di cui non conosce il significato, appaiono nel suo campo visivo: [SYSTEM ALERT]!