Le jeune Khéna, qui vit chez son oncle adoptif Georges Caillau de la Roche, un archéologue et ethnologue réputé, rencontre un sympathique extraterrestre espiègle à l'aspect animalier, le Scrameustache, venu réparer sa soucoupe volante sur terre. Le Scrameustache se rend compte que la médaille que Khéna porte autour du cou est censée se trouver au Pérou. Ils convainquent Oncle Georges d'y partir, là où celui-ci a récupéré Khéna, dans le but de retrouver les origines du jeune garçon et d'aider l'Héritier de l'Inca, si celui-ci n'est pas Khéna. C'est le début pour Khéna d'une longue quête pour trouver et comprendre d'où il vient. Il n'est pas au bout de ses surprises...