Eine geheime Mission führt Leaf nach Tokio. Dort soll sich – versteckt in den verwinkelten Gassen der Stadt – eines der letzten illegalen Homunkulus-Labore befinden. Die ominösen Wissenschaftler besitzen die Macht, Lebewesen wiederauferstehen zu lassen. Aber zu welchem Preis? Unterdessen ist eine Gruppe korrupter Exorzisten der Black Bird Academy dabei, die menschliche Regierung zu unterwandern. Auf der Flucht vor deren Fängen stoßen Leaf und ihre Mitstreiter auf eine Untergrundbewegung aus Menschen und Dämonen, die ihre Sicht auf die Welt völlig auf den Kopf stellen. Als ein Krieg auszubrechen droht und sich Falco der Akademie zuwendet, muss sich Leaf entscheiden, für welche Seite sie kämpfen will. Doch diese Entscheidung könnte ihr Herz zerbrechen …