殺人探偵の異名をとる綾辻行人は、その危険な異能のために異能特務課の新人エージェント・辻村深月の監視を受けていた。綾辻はある殺人事件の解決を依頼されるが、その裏では宿敵・京極夏彦が糸を引いていて……!?