Settant'anni dopo gli eventi di "La rivelazione", quando Thomas e altri immuni furono inviati su un'isola per sopravvivere all'apocalisse innescata da Flare, i loro discendenti hanno prosperato lontano da tutto. Ma nel momento in cui, in un giorno qualunque, appare una donna su una vecchia barca arrugginita portando notizie nefaste dalla terraferma, un gruppo di isolani decide di imbarcarsi per tornare alla civiltà conosciuta. Lì scoprono che molti si sono evoluti in una versione più violenta e intelligente degli Spaccati a causa di una nuova serie di virus, e stanno dando la caccia a coloro i cui antenati sono stati mandati via da Ava Paige, la cancelliera. Gli isolani dovranno sopravvivere abbastanza a lungo per cercare di capire perché li vogliono cacciare e cosa questo significhi per il futuro dell'umanità.