Para Azorín esta novela resume mejor que ninguna el espíritu de Baroja. Y sus principios filosóficos y sociales, la reacción frente a la miseria y el dolor, y los elementos autobiográficos hacen de esta obra muestra privilegiada del mundo del autor. Médico, como Baroja, el protagonista de «El árbol de la ciencia» asiste impotente a los desafueros de una sociedad mezquina y envilecida. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral hay la búsqueda de un camino propio.