眠りから目覚めたレベッカの母・レイチェルが告げた「マザーの命が間もなく尽き、全宇宙の人類が滅亡する」という衝撃の未来。それを回避する為、エデンズ ゼロ一行は後戻り不可能な最後の世界「ユニバース0」へと旅立つ。――そして舞台は始まりの地・グランベルへ。シキとレベッカ、そしてハッピーは再び出会い、世界を救う為の冒険が新たに始まった!!