L'agent fédéral Ethan Burke reprend conscience, seul et blessé, en pleine rue à Wayward Pines, petite bourgade tranquille de l'Idaho. Partiellement amnésique, il se souvient être à la recherche de deux autres agents mystérieusement disparus dans la région. Il se rend vite compte qu'il n'a plus de papiers, ni de téléphone et, en dépit de ses efforts, il ne parvient à joindre ni sa femme, ni son supérieur, ni personne du monde extérieur. Il y a vraiment quelque chose de bizarre à Wayward Pines, comme chez ses habitants. Lorsqu'Ethan découvre le cadavre horriblement mutilé de l'un des agents qu'il recherchait, l'étrangeté cède la place à un danger mortel. C'est maintenant sûr, il y a quelque chose de pourri à Wayward Pines.