「ユニバース0」で次々に巡り合う仲間たち。魔王戦艦エデンズ ゼロを手に入れ、ウィッチと涙の再会を果たしたシキ、レベッカ、ハッピーは、かつての仲間たちを訪ねて回り、順調に乗組員を増やしていく。だが、この世界は以前の世界とは異なる様相を呈していた。それを知ったシキは、ドラッケン・ジョー、そしてポセイドン・シュラ、前の世界での宿敵二人とも友達になることを望むが……。